Crkva je dobila ime po dvojici Isusovih apostola Filipa i Jakova. Njihovo je ime nosila prvotna crkva koja je stradala od Mlečana u 12 st. Na njenom mjestu Rogovski opat Petar Zadranin podigao je novu crkvu 70-ih godina 14 st i posvetio je apostolima Filipu i Jakovu i Blaženoj djevici Mariji. Crkva je razorena u 16. st za vrijeme turskih upada na ove prostore.