Das Schifffahrtsmuseum in Dubrovnik befindet sich in der Festung des heiligen Johannes von Dubrovnik. Es wurde 1941 durch die Organisation einer Ausstellung mit dem Titel Seestraßen und Dubrovnik im Laufe der Jahrhunderte gegründet. Das Museum ist seit 1949 Teil der Jugoslawischen Akademie der Wissenschaften und Künste und fusionierte 1987 mit dem Dubrovnik Museum. Das Museum befindet sich in der St. John's Fortress, die nach dem katastrophalen Erdbeben von 1979 restauriert wurde. Die ständige Ausstellung des Museums wurde 1986 eingerichtet und zeigt die maritime Geschichte der Stadt Dubrovnik und ihrer Umgebung. Die Ausstellung zeigt Schiffsmodelle aus dem 17., 18. und 19. Jahrhundert, zahlreiche Flaggen, Kanonen und andere Waffen, nautische Instrumente, Logbücher, Ordner, verschiedene Dokumente sowie eine wertvolle Bibliothek mit vielen seltenen Exemplaren von Büchern und wichtigen Archivalien.