Il Museo marittimo di Dubrovnik si trova nella fortezza di San Giovanni a Dubrovnik. È stata fondata nel 1941 organizzando una mostra chiamata Strade marittime e Dubrovnik attraverso i secoli. Il museo fa parte dell'Accademia jugoslava di scienze e arti dal 1949 e nel 1987 si è fuso con il Museo di Dubrovnik. Il museo è ospitato nella Fortezza di San Giovanni, che è stata restaurata dopo il catastrofico terremoto del 1979. La mostra permanente del museo è stata allestita nel 1986 e mostra la storia marittima della città di Dubrovnik e dei suoi dintorni. La mostra presenta modelli di navi del XVII, XVIII e XIX secolo, numerose bandiere, cannoni e altre armi, strumenti nautici, giornali di bordo, cartelle, documenti vari, nonché una preziosa biblioteca con molte rare copie di libri e importanti materiali d'archivio.