Die alte Pfarrkirche aus dem 16. Jahrhundert wurde auf den Überresten der alten Johanneskirche errichtet, daher nannten die Menschen sie Johannes (San Giovanino). Während der türkischen Invasionen im Jahr 1649 wurde der Gottesdienst von den Nonnen des Klosters St. Erzengel durchgeführt. Ab 1902 wurde es vom Franziskanischen Dritten Orden übernommen und mit Hilfe der Gläubigen und der damaligen staatlichen Behörden renoviert und mit drei Marmoraltären geschmückt. Auf dem Seitenaltar befindet sich ein Altar mit einem Sakrileg, auf dem zweiten Altar eine Statue der Jungfrau Maria. Die Basilika wurde bei der Restaurierung der Kirche entdeckt. Die ursprüngliche alte Kirche von st. Johannes wurde im Presbyterium der Basilika erbaut. Es wurde im Laufe der Geschichte dreimal erweitert. Die heutige Form der Kirche ist die ursprüngliche mittelalterliche, halbkreisförmige Apsis, die 1996 rekonstruiert wurde.