La basilique Sainte-Marie est une église à trois nefs de plan carré dont les murs latéraux ont été préservés presque à leur hauteur d'origine. La taille de l'église (11 x 24 m) indique une population importante du castrum byzantin voisin érigé en cet édifice aux Ve / VIe siècles.

La zone de l'autel est deux marches plus élevés et est séparée de la nef de l'église par un arc de triomphe en partie préservé. La base de l'autel est préservée in situ. L'atrium de la basilique abrite une petite collection de monuments en pierre, présentant notamment des vestiges d'églises, des transennes, des grilles de fenêtres en pierre.

La spécificité de la basilique Sainte-Marie réside dans l'apparence du sanctuaire qui se termine par une abside rectangulaire, alors que la plupart des basiliques de cette époque avaient un sanctuaire organisé de manière semi-circulaire.

Dans la partie avant ouverte de la basilique et autour d'elle se trouvait un cimetière paléochrétien de 300 m de long, s'étendant jusqu'au coin sud-est du castrum.