La basilica di Santa Maria è una chiesa a tre navate di pianta rettangolare, le cui pareti laterali sono conservate quasi all'altezza originale. Le sue dimensioni (11 x 24 m) dimostrano che gli abitanti del vicino castrum erano numerosi e che furono proprio loro a costruire l’edificio sacro nel V/VI secolo.

L’area dell’altare venne elevata con due gradini e divisa dalla navata con un arco trionfale, preservatosi solo parzialmente. Possiamo notare in situ anche la base dell’altare. Nello spazio antestante la basilica c’è un piccolo lapidario nel quale, tra i numerosi oggetti, sono esposte anche le transenne che facevano da sbarrare alle finestre.

La specificità della Basilica di Santa Maria è nell'aspetto di un santuario che termina con un'abside rettangolare, mentre la maggior parte della basilica di quel tempo ha uno spazio santuario semicircolare.

Nell’atrio aperto della basilica e intorno ad essa c’era un cimitero paleocristiano che, ricoprendo un tratto lungo trecento metri, arrivava all’angolo sudorientale del castro.