Izgradnja crkve sv. Filipa Nerija usko je povezana uz splitskoga kanonika i makarskoga biskupa Nikolu Bijankovića (Split,15. kolovoza 1645. - Makarska, 10. kolovoza 1730.). Nakon što je 1672. Godine započeo službu učitelja klerika, Bijanković je odlučio osnovati filipinsku kongregaciju te podići crkvu posvećenu sv. Filipu Neriju. U toj nakani pomogao mu je plemić Frane Soppe Papalić, koji je 4. listopada 1676. godine Bijankoviću ustupio u Splitu jednu kuću i uz nju zidinu, s trajnom obvezom godišnjeg izgovaranja odredenoga broja sv. Misa. Te je godine Bijanković sa skupinom svećenika započeo živjeti zajedničkim životom po pravilima sv. Filipa Nerija. Stoga se smatra da je 1676. godine utemeljena Kongregacija oratorija sv. Filipa Nerija u Splitu. Dozvolu za gradnju crkve izdao je 1679. godine generalni vikar Ivan Kuparić (Cuppareo). Izgradnja crkve započela je 2. siječnja iste godine na mjestu Papalićeve kuće uz koju su kupljene još dvije manje. Skromna pravokutna crkva bila je završena 1680. godine.