La chiesa di San Filippo Neri è strettamente collegata al canone di Spalato e al vescovo Nikola Bijanković di Spalato (Spalato, 15 agosto 1645 - Makarska, 10 agosto 1730). Dopo aver iniziato il suo ministero come insegnante di chierico nel 1672, Bijankovic decise di fondare una congregazione filippina e di costruire una chiesa dedicata a San Filippo Neri. Il nobile Frane Soppe Papalic, che il 4 ottobre 1676 diede a Bijankovic una casa e un muro accanto a essa a Spalato, con l'obbligo permanente di pronunciare annualmente un certo numero di Sante Messe in questa intenzione. Quell'anno, Bijankovic e un gruppo di sacerdoti iniziarono a vivere una vita comune secondo le regole di San Filippo Neri. Si ritiene quindi che nel 1676 la Congregazione dell'Oratorio dei SS. Philip Neri a Spalato. Il permesso per la costruzione della chiesa fu rilasciato nel 1679 dal vicario generale Ivan Kuparić (Cuppareo). La costruzione della chiesa iniziò il 2 gennaio dello stesso anno nel sito della casa papale, con la quale furono acquistati altri due. La modesta chiesa rettangolare fu completata nel 1680.