Cerkev svetega Filipa Nerija je tesno povezana s splitskim kanonikom in škofom Nikolajem Bijankovićem (Split, 15. avgusta 1645 - Makarska, 10. avgusta 1730). Potem ko je leta 1672 služil kot duhovniški učitelj, se je Bijanković odločil ustanoviti filipinsko kongregacijo in zgraditi cerkev, posvečeno sv. Filipu Neriju. Plemeniti Frane Soppe Papalič, ki je 4. oktobra 1676 dal Bijankoviću eno hišo in obzidje ob njej v Splitu, s trajno obveznostjo, da v tej nameri vsako leto izreče določeno število svetih maš. Tistega leta sta Bijankovič in skupina duhovnikov začela živeti skupno življenje po pravilih svetega Filipa Nerija. Zato se šteje, da je leta 1676 Kongregacija oratorija sv. Philip Neri v Splitu. Dovoljenje za gradnjo cerkve je leta 1679 izdal generalni vikar Ivan Kuparić (Cuppareo). Gradnja cerkve se je začela 2. januarja istega leta na mestu Papaličeve hiše, s katero sta bila kupljena še dva. Skromna pravokotna cerkev je bila dokončana leta 1680.