Cerkev sv. Frančiška je enobrodna zgradba z gotsko obokano polkrožno apsido. Vzhodna apsida je arhitekturno artikulirana z dvema podolgovatima gotskim oknoma. Ista okna so bila zagotovo na južni strani, vendar zaradi poznejše gradnje zvonikov. Zvonik cerkve je bil dokončan leta 1743. Nasproti frančiškanske cerkve je bil samostan Claris. Clareys imajo zelo strogo klavzulo, zato so se pri gradnji frančiškanskega zvonika pritoževali, ker se z nje vidi vrt. Cerkev na južni fasadi ima tri gotska okna. Zgoraj navedena okna so od severne strani odsotna, saj so verjetno tam stale starejše cerkve, samostan in mestni bedemi. Od dekorativne plastike je treba omeniti beneškega krilatega leva z zaprto knjigo iz XIII. stoletja, danes na pročelju nad obzidanim vhodom. Zaprta knjiga kaže na to, da so bile takrat Benetke v vojni. Cerkev je bila v vsakem primeru preurejena in podaljšana, tako da so bila ta vrata morda nekoč glavni vhod v cerkev, potem pa ta relief veliko pove o času njene postavitve.

Samostan je bil zgrajen severno od današnje cerkve. O gradnji samostana ni veliko podatkov, znano pa je, da je dalmatinski procent Sebastian Justiniani leta 1500 dovolil odpiranje okenskih odprtin na delu ob mestnem obzidju. Leta 1625 je bilo zgrajeno cisterno z deževnico, ki je potekala s štirih streh. To potrjuje, da je bila cerkev do takrat že razširjena in da obstajajo vse samostanske zgradbe (razen vzhodnega dela - semenišče iz leta 1910).

Cerkev in samostan sv. Frančiškov veliko govorijo o tradiciji frančiškanskega reda na Krki. Obstaja legenda, napisana leta 1500, da je sveti Frančišek zaradi svoje nevihte pristal na Krki in tu srečal puščavnika, ki je sprejel njegovo učenje, po katerem je bil na Krku ustanovljen frančiškanski red.