La collection du musée de Pula a été créée au cours de la première moitié du XIXe siècle par la collecte de monuments en pierre dans le temple d’Auguste. La découverte de pierres, de poteries et d'objets en métal à Nesactium a servi de base à la création du Musée des antiquités (Museo d'antichità) et du Musée municipal de Pula (Civico Museo della Città di Pola) en 1902. Son siège était dans un bâtiment qui n'existe plus, sur Uspon Sv. Stjepana, à proximité de l'arc des Sergii.

Avec le transfert du siège de la Société istrienne d'archéologie et d'histoire locale (Società istriana di archeologia e storia patria) et le retrait d'une partie de l'inventaire archéologique de Poreč à Pula, le musée municipal fusionné avec la collection nationale (monuments en pierre) ) et le musée provincial de Poreč (Museo Provinciale), créant ainsi une institution unique à caractère régional. Le Musée royal de l'Istrie (Regio Museo dell'Istria) a donc été créé en 1925. En raison de la richesse des collections il fallut bientôt chercher de nouveaux locaux d’exposition et c’est pourquoi une structure abritant l’ancien collège secondaire autrichien (érigé en 1890) a été adaptée pour répondre aux nouveaux besoins de ce musée ouvert au grand public en 1930. Le musée est situé sur le côté est d’un village préhistorique et de la colonie romaine de Pola. La double porte romaine (Porta Gemina), le lapidarium et le parc en plein air, une voie d'accès et un large escalier mènent tous à l'entrée principale du bâtiment derrière lequel se trouve le petit théâtre romain. Cette exposition fut ouverte au public avec de légères modifications jusqu’à la fin de la Seconde Guerre mondiale, date à laquelle la plupart des expositions furent déplacées en Italie sous l’administration anglo-américaine.

Cette institution a été rebaptisée Musée archéologique d'Istrie en 1947 et fonctionne sans interruption depuis ses débuts. Après que le gouvernement italien a restitué une partie des matériaux archéologiques en 1961, un travail systématique et des efforts énormes ont été nécessaires pour adapter progressivement le bâtiment du Musée et pour développer une conception didactico-visuelle de toutes les archives représentatives que le Musée possédait. Au rez-de-chaussée et dans les couloirs du musée, le lapidarium réaménagé a été ouvert en 1968 (un autre réaménagement est en cours). En 1973, les salles d'exposition abritant la collection préhistorique ont été ouvertes au premier étage du musée et au deuxième étage, celles des collections romaine, tardive et médiévale. Les salles d'exposition du musée archéologique d'Istrie sont constamment remplies de nouvelles découvertes découvertes sur des sites archéologiques istriens (grottes préhistoriques, collines et nécropoles, domaines agricoles romains, bâtiments, cimetières et structures religieuses datant de l'époque paléochrétienne et byzantine, Les incursions barbares et le règlement des Slaves en Istrie.

Avec une sélection rigoureuse des objets archéologiques exposés dans l'exposition permanente actuelle, nous présentons l'évolution de la culture matérielle sur le territoire de l'Istrie à partir de la préhistoire (paléolithique, néolithique, l'âge du bronze et les trouvailles particulièrement riches du dernier millénaire avant notre ère, découvertes dans les nécropoles du vieil Histri - au premier étage), à travers la période de domination romaine (le lapidarium au rez-de-chaussée et dans les couloirs du musée, et exposées au deuxième étage, découvertes dans les nécropoles romaines, la collection de objets en verre, poterie, objets en métal, sculptures décoratives et de portrait, matériaux de construction), la fin de la période romaine et celle du haut Moyen Âge (découvertes dans les nécropoles chrétiennes anciennes, châteaux, églises primitives chrétiennes, découvertes de tombes - bijoux et parties de costumes de nécropoles slaves) la période de féodalisation de la péninsule (également au deuxième étage) et une partie du lapidarium médiéval (la collection d'entrelacs médiévaux ornam ent sculpture).

Le musée archéologique d'Istrie est aujourd'hui organisé en département d'archéologie (comprenant les collections préhistorique, romaine, médiévale et moderne, avec une collection numismatique et une collection d'archéologie sous-marine en phase de fondation), le département de documentation, le département de bibliothèque, le Département de l’éducation et département de la conservation-restauration. Sauf dans le bâtiment principal, le Musée a également détruit des collections situées dans l'amphithéâtre de Pula, dont il est également responsable, le temple d'Auguste, le monastère franciscain et à Nesactium.