Die Pfarrei des hl. Johannes des Täufers wurde durch den Erlass der damaligen Verordnung von Zadar gegründet. Die Pfarrei geht auf die gleichnamige mittelalterliche Kirche außerhalb der Stadtmauer zurück, die in der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts errichtet wurde. Es wurde bereits im Jahr 1312 erwähnt, und neben dieser Kirche lebten die Brüder der Eremiten des dritten Ordens von St. Frane, die sich in einem nahe gelegenen Hospiz um die infizierten Patienten kümmerten. Zu Beginn des 15. Jahrhunderts wurde in der Nähe der Kirche ein Kloster errichtet. Aufgrund der türkischen Invasion ordnete die Stadtverwaltung den Abriss aller vorhandenen Gebäude an, so dass das Kloster Sv. Johannes im Jahr 1536, und die Kirche wurde schwer beschädigt. In den späteren Jahrhunderten wurde die Kirche wiederholt repariert und in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts erweitert.