Parafia pw. Św. Jana Chrzciciela została założona dekretem zarządzenia z Zadaru w tamtych czasach. Parafia nawiązuje do średniowiecznego kościoła o tej samej nazwie, który znajdował się poza murami miasta, wzniesionego w drugiej połowie XIV wieku. Wspomniano o tym już w 1312 roku, a obok tego kościoła żyli bracia eremici z trzeciego rzędu św. Franciszka, którzy opiekowali się zakażonymi pacjentami w pobliskim hospicjum. Na początku XV wieku w pobliżu kościoła wzniesiono klasztor. W związku z najazdem tureckim władze miasta nakazały rozbiórkę wszystkich istniejących budynków, a więc klasztor św. Jana w 1536 roku, a kościół został poważnie uszkodzony. W późniejszych wiekach kościół był wielokrotnie remontowany, aw drugiej połowie XIX wieku rozbudowywany.