Župnija svetega Janeza Krstnika je bila ustanovljena z dekretom zadarskega odloka tistega časa. Župnija sledi svojim koreninam do istoimenske srednjeveške cerkve, ki je bila zunaj mestnega obzidja, postavljena v drugi polovici 14. stoletja. Omenjena je bila že leta 1312, poleg te cerkve pa so živeli bratje eremitov tretjega reda sv. Frane, ki so v bližnjem hospicu skrbeli za okužene bolnike. V začetku 15. stoletja je bil blizu cerkve postavljen samostan. Zaradi turške invazije so mestne oblasti odredile rušenje vseh obstoječih stavb in tako samostana Sv. Janeza leta 1536, cerkev pa je bila močno poškodovana. V poznejših stoletjih so cerkev večkrat popravili in v drugi polovici 19. stoletja razširili.