Парохијата на Свети Јован Крстител, беше основана со декрет на Задарската уредба од тоа време. Парохијата ги трага своите корени до средновековната црква со исто име, која се наоѓала надвор од градските идови, подигната во втората половина на XIV век. Беше споменато веќе во 1312 година, а до таа црква живееја поробениците на еремитите од третиот поредок на Свети Фран, кои се грижеа за заразените пациенти во блискиот хоспитал. На почетокот на 15 век, манастир бил подигнат во близина на црквата. Поради турската инвазија, градските власти наредија рушење на сите постојни згради, и така манастирот Св. Јован во 1536 година, а црквата била тешко оштетена. Во подоцнежните векови црквата постојано била санирана и во втората половина на 19 век.