Farnost sv. Jana Křtitele byla založena vyhláškou tehdejšího zadarského nařízení. Farnost sleduje její kořeny ke středověkému kostelu stejného jména, který byl umístěn za městskými hradbami a byl postaven ve druhé polovině 14. století. Zmínil se o nich již v roce 1312 a vedle tohoto kostela žili mniši eremitů třetího řádu sv. Františka, kteří se o infikované pacienty starali v nedaleké hospici. Na počátku 15. století byl poblíž kostela postaven klášter. Díky turecké invazi nařídily městské úřady zbourání všech stávajících budov, a tak i klášter Sv. Jan v roce 1536 a kostel byl těžce poškozen. V pozdějších stoletích byl kostel opakovaně opravován a ve druhé polovině 19. století rozšířen.