V době smrtelného moru 1465/66, který přinesl 2000 mrtvých, bylo rozhodnuto, že v budoucnu se bude slavit svátek sv. Sebastiána. V roce 1467 byl splněn slib města a podle plánu Niccolo di Giovanni se začal stavět kostel, který se nacházel v dřívějším atriu hexafoilské kostely sv. Marie. Stavba byla dokončena roku 1482. Renesanční oltář Částečně byla přestavěna socha sv. Sebastiána, která, stejně jako socha světce na fasádě, byla dílem Niccola, zatímco socha Vykupitele mohla být dílem Alešiho. Interiér byl nedávno uspořádán jako pamětní prostor pro obránce Trogiru, kteří padli nedávnou Vnitrozemskou válkou.