Az 1465/66 halálos pestis idején, amely 2000-et halt meg, úgy döntöttek, hogy a jövőben megünnepeljük a Szent Sebastian ünnepét. 1467-ben teljesült a város fogadalma, és Niccolo di Giovanni tervére egy templom kezdett épülni, amely a Szent Mária hexafoil churhjának korábbi átriumában található. Az építés 1482-ben fejeződött be. Szent Sebastian szobrát részben felújították, amely, mint a homlokzat szentjének szobra, Niccolo munkája volt, míg a Megváltó szobra Aleši munkája lehet. A belső tér nemrégiben emlékhely volt a Trogir védelmezőinek, akik nemrégiben háborúba kerültek.