Zur Zeit der tödlichen Pest von 1465/66, die 2000 Tote forderte, wurde beschlossen, in Zukunft das Fest des heiligen Sebastian zu feiern. Im Jahr 1467 wurde das Gelübde der Stadt erfüllt und nach einem Plan von Niccolo di Giovanni begann der Bau einer Kirche, die sich im früheren Atrium der Sechskant-Kirche der Heiligen Maria befand. Der Bau wurde bis 1482 abgeschlossen. Der Renaissance-Altar mit Teilweise wurde eine Statue des hl. Sebastian rekonstruiert, die wie die Statue des Heiligen an der Fassade ein Werk von Niccolo war, während die Statue des Erlösers ein Werk von Aleši sein könnte. Das Innere wurde kürzlich als Gedenkstätte für die Verteidiger von Trogir eingerichtet, die vor kurzem im Heimatkrieg gefallen sind.