All'epoca della piaga mortale del 1465/66, che portò 2000 morti, fu deciso che in futuro la festa di San Sebastiano sarebbe stata celebrata. Nel 1467 si adempì il voto della città e, su progetto di Niccolò di Giovanni, iniziò la costruzione di una chiesa, situata nell'atrio precedente della chiesa di Sant'Agata. La costruzione fu completata nel 1482. L'altare rinascimentale con una statua di San Sebastiano fu parzialmente ricostruita, che, come la statua del santo sulla facciata, era opera di Niccolò, mentre la statua del Redentore poteva essere opera di Aleši. L'interno è stato recentemente organizzato come uno spazio commemorativo per i difensori di Trogir che caddero la recente guerra interna.