Во времето на смртоносната чума од 1465/66 година, која донесе 2000 мртви, беше одлучено во иднина да се прослави празникот Св. Себастијан. Во 1467 година, заветот на градот бил исполнет и, според планот на Николо ди Џовани, почнала да се гради црква, која се наоѓала во претходниот атриум на хексафоилската црква Св. Марија. Изградбата била завршена до 1482 година. Ренесансниот олтар со Статуата на Свети Себастијан беше делумно реконструирана, која како статуа на светителот на фасадата, беше дело на Николо, додека статуата на Откупителот може да биде дело на Алеш. Внатрешноста неодамна беше уредена како спомен-простор за бранителите на Трогир, кои паднаа во поновата Татковинска војна.