U vreme kuge 1465./66., koja je usmrtila 2000 ljudi, odlučeno je da se u budućnosti slavi blagdan sv. Sebastijana. Godine 1467. ispunjen je zavjet grada, a prema planu Niccola di Giovannija počela se graditi crkva, smještena u ranom atriju šestougaone crkve Sv. Marije. delomično je rekonstruiran kip sv. Sebastijana, koji je, poput kipa sveca na pročelju, bio delo Niccole, dok je kip Otkupitelja mogao biti delo Alešija. Interijer je nedavno uređen kao memorijalni prostor braniteljima Trogira koji su pali u nedavnom Domovinskom ratu.