A la hora de la plaga mortal de 1465/66, que causó la muerte de 2000 personas, se decidió que en el futuro se celebraría la fiesta de San Sebastián. En 1467 se cumplió el voto de la ciudad y, según un plan de Niccolo di Giovanni, se comenzó a construir una iglesia, ubicada en el atrio anterior del hexafoil churh de Santa María. La construcción se completó en 1482. El altar del Renacimiento con una estatua de San Sebastián fue parcialmente reconstruida, que, como la estatua del santo en la fachada, fue obra de Niccolo, mientras que la estatua del Redentor podría ser obra de Aleši. El interior se organizó recientemente como un espacio conmemorativo para los defensores de Trogir que cayeron recientemente en la Guerra de la Patria.