A l’époque de la peste meurtrière de 1465/66, qui fit 2000 morts, il fut décidé qu’à l’avenir la fête de St Sébastien serait célébrée. En 1467, le vœu de la ville se réalisa et, selon un plan de Niccolo di Giovanni, commença la construction d'une église située dans l'ancien atrium de l'église à hexafoil de Sainte-Marie. La construction fut achevée en 1482. L'autel de la Renaissance une statue de Saint-Sébastien a été partiellement reconstruite. Elle ressemblait à la statue du saint sur la façade. Elle appartenait à Niccolo, tandis que la statue du Rédempteur pourrait être à Aleši. L'intérieur a récemment été aménagé en espace de mémoire pour les défenseurs de Trogir, récemment victimes de la guerre de la patrie.