Das Museum der Stadt Rijeka wurde bereits 1875 in der Stadtgeschichte erwähnt, als Gouverneur Francis Joseph den Bewohnern von Rijeka ein Glas schenkte, um es als Ausstellung seines eigenen Stadtmuseums zu erhalten. Das Museo Civico City Museum wurde schließlich 1893 eröffnet und das Sušak City Museum wurde 1933 eröffnet.

Als moderne Institution hat das Museum der Stadt Rijeka seinen Ursprung im Museum der Volksrevolution von Rijeka, das am 30. Mai 1961 durch Beschluss des Stadtvolksausschusses der Gemeinde Susak gegründet wurde. Sitz des Museums der Stadt Rijeka Die Volksrevolution befand sich im ehemaligen Haus des Grafen Laval Nugent neben dem Schloss Trsat in der Petr-Zrinski-Straße. Aufgrund unzureichender Bedingungen wurde es am 12. November 1976 in ein neues, modernes, zweckmäßig gebautes Gebäude mit einer ständigen Ausstellung, organisierten Sammlungen und angemessenen Museumsstandards verlegt.

Es war bis zum 11. April 1994 eine Institution, als das Museum der Nationalen Revolution auf Beschluss des Stadtrats in Museum der Stadt Rijeka umbenannt wurde. Die neue Einrichtung wurde im selben Gebäude weitergeführt, das sich im Stadtzentrum im Governor's Palace Park befindet. Das Gebäude ist ein modernistisches Objekt, das 1976 vom Architekten Neven Šegvić für das Museum entworfen wurde. Für dieses Projekt erhielt der Architekt Neven Segvic 1976 den Republikaner- und Bundespreis für die beste architektonische Leistung in Kroatien. Zusätzlich zum Gebäude erbte das Stadtmuseum das Dokumentationsmaterial seines Vorgängers und verwahrte es in neu entstandenen Sammlungen.