Muzej mesta Reke se v zgodovini mesta omenja že leta 1875, ko je vladar Franc Jožef kozarcem Reke podaril kozarec v prizadevanju, da bi ga ohranil kot eksponat svojega mestnega muzeja. Mestni muzej Museo Civico je bil dokončno odprt leta 1893, Mestni muzej Sušak pa leta 1933.

Muzej mesta Reke ima sodobno ustanovo v Muzeju ljudske revolucije na Reki, ustanovljenem s sklepom mestnega ljudskega odbora občine Susak 30. maja 1961. Sedež muzeja Ljudska revolucija je bila v nekdanjem domu grofa Lavala Nugenta, poleg gradu Trsat, v ulici Petra Zrinskega. Zaradi neustreznih razmer so ga 12. novembra 1976 preselili v novo, sodobno, namensko zgrajeno stavbo, s stalnim eksponatom, organiziranimi zbirkami in ustreznimi muzejskimi standardi.

Kot institucija je delovala do 11. aprila 1994, ko se je s sklepom mestnega sveta Muzej narodne revolucije preimenoval v Muzej mesta Reke. Nova enota je še naprej delovala v isti stavbi, ki se nahaja v središču mesta, v parku guvernerjeve palače. Stavba je modernistični objekt, ki ga je leta 1976 za muzej zasnoval arhitekt Neven Šegvić. Za ta projekt je arhitekt Neven Segvic prejel republiško in zvezno nagrado za najboljši arhitekturni dosežek na Hrvaškem leta 1976. Mestni muzej je poleg stavbe podedoval dokumentarno gradivo svojega predhodnika in ga shranil v novo oblikovane zbirke.