Muzeum miasta Rijeki jest wspomniane w historii miasta już w 1875 r., Kiedy gubernator Franciszek Józef podarował szklankę mieszkańcom Rijeki, starając się zachować ją jako eksponat własnego Muzeum Miejskiego. Muzeum Miejskie Museo Civico zostało ostatecznie otwarte w 1893 r., a Muzeum Miejskie Sušak w 1933 r.

Jako nowoczesna instytucja Muzeum Miasta Rijeki ma swoje początki w Muzeum Rewolucji Ludowej w Rijece, założonym decyzją Miejskiego Komitetu Ludowego Gminy Susak 30 maja 1961 r. Siedziba Muzeum Rewolucja Ludowa miała miejsce w byłym domu hrabiego Lavala Nugenta, obok Zamku Trsat, przy ul. Petr Zrinski. Z powodu nieodpowiednich warunków 12 listopada 1976 r. Został przeniesiony do nowego, nowoczesnego, specjalnie zbudowanego budynku ze stałą ekspozycją, zorganizowanymi zbiorami i odpowiednimi standardami muzealnymi.

Działał jako instytucja do 11 kwietnia 1994 r., Kiedy decyzją Rady Miasta Muzeum Rewolucji Narodowej zostało przemianowane na Muzeum Miasta Rijeki. Nowy zakład nadal działał w tym samym budynku, położonym w centrum miasta, w Parku Pałacu Gubernatora. Budynek jest modernistycznym obiektem zaprojektowanym przez architekta Nevena Šegvicia w 1976 roku dla muzeum. Za ten projekt architekt Neven Segvic otrzymał Republikańską i Federalną Nagrodę za najlepsze osiągnięcie architektoniczne w Chorwacji w 1976 r. Oprócz budynku Muzeum Miejskie odziedziczyło materiał dokumentalny swojego poprzednika, przechowując go w nowo powstałych kolekcjach.