Muzej grada Rijeke spominje se u gradskoj povesti još 1875. godine, kada je vladar Franjo Josip darovao Rečanima čašu u želji da je čuvaju kao izložak svoga gradskog Muzeja. To je bio poticaj da ga osnuju, jer ga u tom trenutku nisu imali. Kada je 1893. konačno otvoren Gradski muzej – Museo Civico, a 1933. i Muzej grada Sušaka, dobivene su ustanove čija je građa dobrim delom i danas temelj rečkih muzeja.

Kao moderna ustanova, Muzej grada Rijeke ima svoje početke u Muzeju narodne revolucije Rijeka, osnovanom prema odluci Gradskoga narodnog odbora Općine Sušak 30. svibnja 1961. godine. Sedište Muzeja narodne revolucije nalazilo se u nekadašnjoj kući grofa Lavala Nugenta, pored Trsatske gradine, u Ulici Petra Zrinskoga. Zbog neadekvatnih uvjeta, preseljen je 12. studenog 1976. u novu, suvremenu, namjenski izgrađenu zgradu, sa stalnim postavom, ustrojenim zbirkama i adekvatnim muzejskim standardima.

Kao ustanova će djelovati do 11. travnja 1994. godine, kada je odlukom Gradskoga vijeća Muzej narodne revolucije preimenovan u Muzej grada Reke. Nova ustanova nastavila je djelovati u istoj zgradi, smeštenoj u gradskom središtu, u parku Guvernerove palače. Zgrada je modernistički obekat što ga je namjenski za muzej 1976. projektirao ing. arh. Neven Šegvić. Za taj je projekat arhitekt Neven Šegvić dobio Republičku i saveznu nagradu Borbe za najbolje arhitektonsko ostvarenje u Hrvatskoj 1976. Pored zgrade, Muzej grada je nasledio dokumentarnu građu svoga prethodnika, pohranjujući je u novoformirane zbirke.