Muzeum města Rijeka je zmiňováno v historii města již v roce 1875, kdy guvernér Francis Joseph daroval obyvatelům Rijeky sklenku ve snaze zachovat ji jako výstavu svého vlastního městského muzea. Městské muzeum Museo Civico bylo konečně otevřeno v roce 1893 a Městské muzeum Sušak bylo otevřeno v roce 1933.

Muzeum moderního města má svůj původ v Muzeu lidové revoluce v Rijece, které bylo založeno rozhodnutím Městského lidového výboru obce Susak dne 30. května 1961. Sídlo Muzea města Rijeky Lidová revoluce byla v bývalém domě hraběte Lavala Nugenta, vedle hradu Trsat, v ulici Petr Zrinski. Kvůli nedostatečným podmínkám byla 12. listopadu 1976 přesunuta do nové, moderní, účelové budovy se stálou expozicí, organizovanými sbírkami a odpovídajícími muzeálními standardy.

Fungovalo jako instituce do 11. dubna 1994, kdy bylo rozhodnutím Městské rady přejmenováno Muzeum národní revoluce na Muzeum města Rijeka. Nové zařízení pokračovalo v činnosti ve stejné budově, která se nachází v centru města, v Governor's Palace Park. Budova je modernistickým objektem navrženým architektem Nevenem Šegvićem v roce 1976 pro muzeum. Za tento projekt získal architekt Neven Segvic v roce 1976 republikánskou a federální cenu za nejlepší architektonický úspěch v Chorvatsku. Městské muzeum zdědilo kromě budovy také dokumentární materiál svého předchůdce a uložilo jej do nově vytvořených sbírek.