El Museo de la Ciudad de Rijeka se menciona en la historia de la ciudad ya en 1875, cuando el gobernador Francis Joseph donó un vaso a los residentes de Rijeka en un esfuerzo por preservarlo como una exhibición de su propio Museo de la Ciudad. El Museo Civico City Museum se abrió finalmente en 1893 y el Museo Sušak City se abrió en 1933.

Como institución moderna, el Museo de la Ciudad de Rijeka tiene su origen en el Museo de la Revolución Popular de Rijeka, fundado por decisión del Comité Popular de la Ciudad del Municipio de Susak el 30 de mayo de 1961. La sede del Museo de la People's Revolution estaba en la antigua casa del conde Laval Nugent, al lado del castillo de Trsat, en la calle Petr Zrinski. Debido a condiciones inadecuadas, se trasladó el 12 de noviembre de 1976 a un edificio nuevo, moderno y construido especialmente, con una exposición permanente, colecciones organizadas y estándares adecuados para museos.

Funcionó como institución hasta el 11 de abril de 1994, cuando, por decisión del Ayuntamiento, el Museo de la Revolución Nacional pasó a llamarse Museo de la Ciudad de Rijeka. El nuevo establecimiento continuó operando en el mismo edificio, ubicado en el centro de la ciudad, en el Governor's Palace Park. El edificio es un objeto modernista diseñado por el arquitecto Neven Šegvić en 1976 para el museo. Para este proyecto, el arquitecto Neven Segvic recibió el Premio Republicano y Federal al Mejor Logro Arquitectónico en Croacia en 1976. Además del edificio, el Museo de la Ciudad heredó el material documental de su predecesor y lo almacenó en colecciones recién formadas.