Le musée de la ville de Rijeka est mentionné dans l'histoire de la ville dès 1875, lorsque le gouverneur Francis Joseph fit don d'un verre aux habitants de Rijeka afin de le préserver en tant qu'exposition de son propre musée de la ville. le musée municipal de Museo Civico a finalement été ouvert en 1893 et le musée municipal de Sušak a été ouvert en 1933.

En tant qu'institution moderne, le musée de la ville de Rijeka tire ses origines du musée de la révolution populaire de Rijeka, créé par décision du Comité populaire de la ville de la municipalité de Susak le 30 mai 1961. Le siège du musée de la La Révolution populaire se trouvait dans l'ancienne maison du comte Laval Nugent, à côté du château de Trsat, dans la rue Petr Zrinski. En raison de conditions inadéquates, il a été transféré le 12 novembre 1976 dans un nouveau bâtiment moderne, construit à cet effet, avec une exposition permanente, des collections organisées et des normes de musée adéquates.

Il a fonctionné en tant qu’institution jusqu’au 11 avril 1994, date à laquelle, sur décision du conseil municipal, le Musée de la révolution nationale a été renommé Musée de la ville de Rijeka. Le nouvel établissement a continué de fonctionner dans le même bâtiment, situé au centre-ville, dans le parc du gouverneur. Le bâtiment est un objet moderniste conçu par l'architecte Neven Šegvić en 1976 pour le musée. Pour ce projet, l'architecte Neven Segvic a reçu le prix républicain et fédéral du meilleur projet architectural de Croatie en 1976. Outre le bâtiment, le musée de la ville a hérité du matériel documentaire de son prédécesseur, le stockant dans des collections nouvellement constituées.